A Criação
A ideia de criar uma entidade governamental específica para fomentar o desenvolvimento científico no país surgiu bem antes da criação do CNPq. Desde os anos 20, integrantes da Academia Brasileira de Ciências (ABC) falavam no assunto ainda como conseqüência dos anos que sucederam a Primeira Guerra Mundial. Em 1931, a ABC sugeriu formalmente ao governo a criação de um Conselho de Pesquisas. Em maio de 1936, o então Presidente Getúlio Vargas enviou a mensagem ao Congresso Nacional sobre a "criação de um conselho de pesquisas experimentais". Nesta proposta tinha-se por objetivo a concepção de um sistema de pesquisas que viesse a modernizar e a aumentar a produção do setor agrícola especificamente. Entretanto a idéia não foi bem recebida pelos parlamentares.
A partir da Segunda Guerra Mundial, os avanços da tecnologia bélica: aérea, farmacêutica e principalmente a energia nuclear, despertaram os países para a importância da pesquisa científica. A bomba atômica era a prova real e assustadora do poder que a ciência poderia atribuir ao homem. Com isso, diversos países começaram a acelerar suas pesquisas ou mesmo a montar estruturas de fomento à pesquisa, como no caso do Brasil. Apesar de detentor de recursos minerais estratégicos, o país não tinha a tecnologia necessária para seu aproveitamento.
Em maio de 1946, o Almirante Álvaro Alberto da Motta e Silva (engenheiro de formação), representante brasileiro na Comissão de Energia Atômica do Conselho de Segurança da recém-criada Organização da Nações Unidas (ONU), propôs ao governo, por intermédio da ABC, a criação de um conselho nacional de pesquisa. "Em maio de 1948 um grupo de cientistas e de amigos da ciência decidiu fundar, no Brasil, uma Sociedade para o Progresso da Ciência sem fins lucrativos nem cor político-partidária, voltada para a defesa do avanço científico e tecnológico e do desenvolvimento educacional e cultural do Brasil. " (* Trecho extraído da Publicação nº 3 da SBPC, de 1951: "SBPC - Fundação, evolução e atividades", reproduzidos nos Cadernos SBPC Nº 7, 2004.) A criação da SBPC - Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência, veio reforçar os ideais da necessidade de aparatos institucionais para o desenvolvimento da Ciência no Brasil.
Álvaro Alberto tinha como empreitada a criação de uma instituição governamental, cuja principal função seria incrementar, amparar e coordenar a pesquisa científica nacional. Ainda em 1948, o projeto da criação do conselho era apresentado na Câmara dos Deputados, mas foi somente em 1949 que o Presidente Eurico Gaspar Dutra nomeou uma comissão especial para apresentar o anteprojeto de lei sobre a criação do Conselho de Pesquisas. Reunião da Comissão nomeada pelo Presidente Eurico Gaspar Dutra para elaborar o projeto que resultou na lei de criação do CNPq, em Abril de 1949. A partir da esquerda, em primeiro plano, Álvaro Osório de Almeida, José Carneiro Felipe, Jorge Latour e Álvaro Alberto. Depois de debates em diversas comissões, finalmente em 15 de janeiro de 1951, dias antes de passar a faixa presidencial a Getúlio Vargas, o Presidente Dutra sanciona a Lei de criação do Conselho Nacional de Pesquisas como autarquia vinculada a Presidência da República. A Lei nº 1.310 de 15 de Janeiro de 1951, que criou o CNPq, foi chamada por Álvaro Alberto de "Lei Áurea da pesquisa no Brasil."
A lei de criação do Conselho estabelecia como suas finalidades promover e estimular o desenvolvimento da investigação científica e tecnológica, mediante a concessão de recursos para pesquisa, formação de pesquisadores e técnicos, cooperação com as universidades brasileiras e intercâmbio com instituições estrangeiras. A missão do CNPq era ampla, uma espécie de "estado-maior da ciência, da técnica e da indústria, capaz de traçar rumos seguros aos trabalhos de pesquisas" científicas e tecnológicas do país, desenvolvendo-os e coordenando-os de modo sistemático.