Conselho Deliberativo
Maior instância de poder decisório do CNPq, é formado pelo presidente da Instituição, pelo secretário-executivo do Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações (MCTIC) e representantes da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes/MEC), da Financiadora de Estudos e Projetos (FINEP), do Conselho Nacional das Fundações Estaduais de Amparo à Pesquisa (CONFAP), das comunidades científica, tecnológica e empresarial e dos servidores do CNPq.
O Conselho Deliberativo (CD) tem como principais competências: formular propostas para o desenvolvimento científico e tecnológico do País; apreciar a programação orçamentária e definir critérios orientadores das ações da entidade; aprovar as normas de funcionamento dos colegiados, a composição dos comitês de assessoramento e o relatório anual de atividades.
É composto pelos seguintes membros:
| MEMBROS | Tipo | Instituição | Representação |
| Evaldo Ferreira Vilela | Nato | CNPq | Institucional |
| Leonidas de Araújo Medeiros Junior | Nato | MCTI | Institucional |
| Waldemar Barroso Magno Neto | Nato | FINEP | Institucional |
| Benedito Guimaraes Aguiar Neto | Nato | CAPES | Institucional |
| Odir Antonio Dellagostin | Nato | CONFAP | Institucional |
| Antônio Roberto Beldi | Designado | SPLICE | Representante da Comunidade Empresarial Nacional |
| Claudio Furtado Soares | Designado | UFMG | Representante da Comunidade Empresarial Nacional |
| Dalila Andrade Oliveira | Designada | UFMG | Representante da Comunidade Científica |
| Francisco Cribari Neto | Designado | UFPE | Representante da Comunidade Científica |
| Helena Bonciani Nader | Designado | UNIFESP | Representante da Comunidade Científica |
| Hernandes Faustino de Carvalho | Designado | UNICAMP | Representante da Comunidade Científica |
| Jardel Pauber Matos e Silva | Designado | UFMS | Representante da Comunidade Tecnológica Nacional |
| Jorge Augusto Callado Afonso | Designado | TECPAR | Representante da Comunidade Tecnológica Nacional |
| Luciano Sather Rosa Guimarães | Designado | Centro Universitário Metodista Izabela Hendrix | Representante da Comunidade Empresarial Nacional |
| Miriam Pillar Grossi | Designado | UFSC | Representante da Comunidade Científica Nacional |
| Rafael Correa Fabra Navarro | Designado | Jardim Botânico do Rio de Janeiro | Representante da Comunidade Tecnológica Nacional |
| Rafaela Campostrini Forzza | Designado | Jardim Botânico do Rio de Janeiro | Representante da Comunidade Científica |
| Ana Claudia de Souza Mota | Designado | CNPq | Representante dos Servidores do CNPq |