Questão Nuclear
O Conselho Nacional de Pesquisas foi criado, então, para promover e estimular o desenvolvimento da investigação científica e tecnológica em qualquer domínio do conhecimento, mas com especial interesse no campo da física nuclear. Assim, coube ao CNPq incentivar a pesquisa e a prospecção das reservas existentes, no Brasil, de materiais apropriados ao aproveitamento da energia atômica. A lei de criação do CNPq também determinava a proibição da exportação dos minerais radioativos do país, mas essa orientação cedeu a pressões externas. Por sua característica estratégica que envolve interesses de soberania nacional, o CNPq ficou inicialmente subordinado à Presidência da República.
No contexto do pós-guerra, a evolução técnica e científica na área nuclear era fator estratégico importante e emergente na geopolítica entre Estados, o que levou ao apoio da criação do Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas (CBPF), além de estabelecer contatos com físicos estrangeiros como Enrico Fermi, Robert Oppenheimer e outros. O Almirante Álvaro Alberto, ainda em 1951, representou o Brasil na Comissão de Energia Atômica da Organização das Nações Unidas - ONU, com a formulação e defesa da tese das "compensações específicas", que estabelecia o direito ao acesso à tecnologia nuclear para fins pacíficos para os países possuidores de matéria prima com potencial atômico.
O Almirante Álvaro Alberto, além do amparo do presidente Eurico Gaspar Dutra, também teve o apoio do seu sucessor, o presidente Getúlio Vargas, que acompanhava as ações do CNPq, tanto na implantação de novos institutos como no caso do Instituto de Pesquisas da Amazônia (INPA), que incorporou o Museu Emílio Goeldi (MPEG), quanto a demonstrações científicas. Esse era o início da política nuclear brasileira em sua fase nacionalista, que perdurou de 1949 a 1954. Essa fase coincide com o período em que o Almirante Álvaro Alberto esteve à frente da criação e da presidência do CNPq, pedindo exoneração em 1955 por pressões e por divergências entre dirigentes de outras instâncias. Após o conturbado contexto histórico de 1954, a política nuclear nacionalista perde os seus aliados civis e militares.
Relato sobre os recursos minerais estratégicos do Brasil para o Presidente Vargas no Palácio do Cadete. Na foto constam o presidente Getúlio Vargas, o físico Joaquim da Costa Ribeiro (ao centro) utilizando um contador Geiger em várias mostras de minérios e o almirante Álvaro Alberto.
A partir de 1954 foi criada a Comissão Nacional de Energia Atômica que depois originou, em 1956, a Comissão Nacional de Energia Nuclear - CNEN, que passou a gerir a atividade nuclear no Brasil, independente do CNPq.